<div dir="ltr">On Wed, May 20, 2015 at 2:26 PM, Comer Duncan <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:comer.duncan@gmail.com" target="_blank">comer.duncan@gmail.com</a>&gt;</span> wrote:<br><div class="gmail_extra"><div class="gmail_quote"><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr">Hi Ian,<div><br></div><div>Oh well.  You can find the contents of build3.log on <a href="http://pastebin.com/0q9NNAT4" target="_blank">http://pastebin.com/0q9NNAT4</a> and I note nothing different, or so it seems. Here is a query about mpich and openmpi on my system:</div><div><br></div><div><div>ComerMacProRetina:Cactus comerduncan$ port installed | grep mpich</div><div>  mpich-default @3.1.3_0+gcc49</div><div>  mpich-default @3.1.4_0+gcc49</div><div>  petsc @3.5.3_1+accelerate+hwloc+mpich</div><div>ComerMacProRetina:Cactus comerduncan$ port installed | grep openmpi</div><span class=""><div>  openmpi @1.7.5_3 (active)</div><div>  openmpi-default @1.7.5_3+gcc47 (active)</div></span><div>  petsc @3.5.3_1+accelerate+hwloc+openmpi (active)</div></div><div><br></div><div><br></div><div>Also, I note in the osx-macport config file that the compiler specified is gcc49 to wit:</div><div><br></div><div><div>CPP = cpp-mp-4.9</div><div>FPP = cpp-mp-4.9</div><div>CC  = gcc-mp-4.9</div><div>CXX = g++-mp-4.9</div><div>F90 = gfortran-mp-4.9</div></div><div><br></div><div>However, note that the active openmpi-default points to gcc47. Could this be a problem?</div></div></blockquote><div><br></div><div>I think not. Compilers are quite compatible. There is an issue with which libstdc++ is used, but MacPorts is careful to do the right thing for different compilers.</div><div><br></div><div>-erik</div><div><br></div><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><span class=""><div>Thanks for your help.</div><div><br></div><div>Comer</div></span></div><div class="HOEnZb"><div class="h5"><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Wed, May 20, 2015 at 12:55 PM, Ian Hinder <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:ian.hinder@aei.mpg.de" target="_blank">ian.hinder@aei.mpg.de</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div style="word-wrap:break-word"><br><div><span><div>On 20 May 2015, at 18:35, Comer Duncan &lt;<a href="mailto:comer.duncan@gmail.com" target="_blank">comer.duncan@gmail.com</a>&gt; wrote:</div><br><blockquote type="cite"><div dir="ltr">Ok, I deactivated mpich and have run <span style="font-size:12.8000001907349px">simfactory/bin/sim build --optionlist=osx-macports.cfg &gt;build2.log 2&gt;&amp;1 and get similar errors. I have pasted the contents of build2.log to <a href="http://pastebin.com/kcua0vKQ" target="_blank">http://pastebin.com/kcua0vKQ</a>.  It does not seem that the deactivation of mpich had the desired effect.</span></div></blockquote><div><br></div></span><div>You probably need to do a clean build by removing configs/sim and building again (this is usually good advice in general, if you suspect there is something weird happening with the build system).  Having both MPI versions&#39; header files around during compilation might have caused the problems.</div></div><span><br><div>
<div style="color:rgb(0,0,0);letter-spacing:normal;text-align:start;text-indent:0px;text-transform:none;white-space:normal;word-spacing:0px;word-wrap:break-word"><div style="color:rgb(0,0,0);letter-spacing:normal;text-align:start;text-indent:0px;text-transform:none;white-space:normal;word-spacing:0px;word-wrap:break-word"><div style="color:rgb(0,0,0);letter-spacing:normal;text-align:start;text-indent:0px;text-transform:none;white-space:normal;word-spacing:0px;word-wrap:break-word"><div style="color:rgb(0,0,0);letter-spacing:normal;text-align:start;text-indent:0px;text-transform:none;white-space:normal;word-spacing:0px;word-wrap:break-word"><div>-- </div><div>Ian Hinder</div><div><a href="http://members.aei.mpg.de/ianhin" target="_blank">http://members.aei.mpg.de/ianhin</a></div></div></div></div></div>
</div>
<br></span></div></blockquote></div><br></div>
</div></div></blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div class="gmail_signature">Erik Schnetter &lt;<a href="mailto:schnetter@cct.lsu.edu" target="_blank">schnetter@cct.lsu.edu</a>&gt;<br><a href="http://www.perimeterinstitute.ca/personal/eschnetter/" target="_blank">http://www.perimeterinstitute.ca/personal/eschnetter/</a></div>
</div></div>