<div dir="ltr">Ok, I deactivated mpich and have run <span style="font-size:12.8000001907349px">simfactory/bin/sim build --optionlist=osx-macports.cfg &gt;build2.log 2&gt;&amp;1 and get similar errors. I have pasted the contents of build2.log to <a href="http://pastebin.com/kcua0vKQ">http://pastebin.com/kcua0vKQ</a>.  It does not seem that the deactivation of mpich had the desired effect.</span><div><span style="font-size:12.8000001907349px"><br></span></div><div><span style="font-size:12.8000001907349px">Thanks.</span></div><div><span style="font-size:12.8000001907349px"><br></span></div><div><span style="font-size:12.8000001907349px">Comer</span></div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Wed, May 20, 2015 at 12:24 PM, Comer Duncan <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:comer.duncan@gmail.com" target="_blank">comer.duncan@gmail.com</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr">Erik,<div><br></div><div>Thanks. I think I had mpich first and then added openmpi. I will deactivate mpich-default.  The question is do I need to run simfactory/bin/sim build --optionlist=osx-macports.cfg &gt;build.log 2&gt;&amp;1 with build2.log instead of build.log so I get a new log file?  Will it do just what is necessary relative to openmpi libs or do the whole business from scratch?</div><span class="HOEnZb"><font color="#888888"><div><br></div><div>Comer</div></font></span></div><div class="HOEnZb"><div class="h5"><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Wed, May 20, 2015 at 12:13 PM, Erik Schnetter <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:schnetter@cct.lsu.edu" target="_blank">schnetter@cct.lsu.edu</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr">Comer<div><br></div><div>I would have only one MPI implementation active. I assume you had mpich active, and then added openmpi when you followed our instructions. You can try to deactivate mpich: &quot;sudo port deactivate mpich-default&quot;. Alternatively, you can deactivate openmpi. After this, you would need to configure and build from scratch.</div><span><font color="#888888"><div><br></div><div>-erik</div></font></span></div><div><div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Wed, May 20, 2015 at 12:04 PM, Comer Duncan <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:comer.duncan@gmail.com" target="_blank">comer.duncan@gmail.com</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr">Hi Erik,<div><br></div><div>Here is what I find:</div><div><br></div><div><div>ComerMacProRetina:Cactus comerduncan$ /opt/local/bin/mpiCC -showme</div><div>/usr/bin/clang -I/opt/local/include/openmpi-mp -Wl,-flat_namespace -L/opt/local/lib/openmpi-mp -lmpi</div><div>ComerMacProRetina:Cactus comerduncan$ port installed | grep mpi</div><div>  mpi-doc @3.1.3_0</div><div>  mpi-doc @3.1.4_0 (active)</div><div>  mpi_select @0.0_3 (active)</div><div>  mpich-default @3.1.3_0+gcc49</div><div>  mpich-default @3.1.4_0+gcc49 (active)</div><div>  openmpi @1.7.5_3 (active)</div><div>  openmpi-default @1.7.5_3+gcc47 (active)</div><div>  petsc @3.5.3_1+accelerate+hwloc+mpich</div><div>  petsc @3.5.3_1+accelerate+hwloc+openmpi (active)</div></div><div><br></div><div>Any recommendations for changes?</div><div><br></div><div>Thanks.</div><span><font color="#888888"><div><br></div><div>Comer</div></font></span></div><div><div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Wed, May 20, 2015 at 9:26 AM, Erik Schnetter <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:schnetter@cct.lsu.edu" target="_blank">schnetter@cct.lsu.edu</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr">Comer<div><br></div><div>Maybe you have two different MPI implementations installed. What is the output of &quot;/opt/local/bin/mpiCC -showme&quot;? What is the output of &quot;port installed | grep mpi&quot;?</div><div><br></div><div>-erik</div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote"><div><div>On Wed, May 20, 2015 at 9:20 AM, Comer Duncan <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:comer.duncan@gmail.com" target="_blank">comer.duncan@gmail.com</a>&gt;</span> wrote:<br></div></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div><div><div dir="ltr">Hi Ian,<div><br></div><div>I did make sure that all ports mentioned in the osx-macports.cfg  file were done before attempting a build.  I&#39;ve followed your suggestion on rebuilding and have pasted the build log to <a href="http://pastebin.com/ka7c3QT5" target="_blank">http://pastebin.com/ka7c3QT5</a> </div><div><br></div><div>Thanks for your help.</div><span><font color="#888888"><div><br></div><div>Comer</div><div><br></div></font></span></div><div><div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Tue, May 19, 2015 at 6:27 PM, Ian Hinder <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:ian.hinder@aei.mpg.de" target="_blank">ian.hinder@aei.mpg.de</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div style="word-wrap:break-word"><br><div><div><div><div>On 19 May 2015, at 21:03, Comer Duncan &lt;<a href="mailto:comer.duncan@gmail.com" target="_blank">comer.duncan@gmail.com</a>&gt; wrote:</div><br><blockquote type="cite"><div dir="ltr">I have tried to build the new release on my local macbook. I am running Yosemite and am using the optionlist for macports.  Here is the part of the make which chokes:<div>.</div><div>.</div><div>.</div><div><div>Undefined symbols for architecture x86_64:</div><div>  &quot;MPI::Win::Free()&quot;, referenced from:</div><div>      vtable for MPI::Win in libthorn_PeriodicCarpet.a(periodic.cc.o)</div><div>      vtable for MPI::Win in libthorn_Carpet.a(helpers.cc.o)</div><div>      vtable for MPI::Win in libthorn_CarpetEvolutionMask.a(evolution_mask.cc.o)</div><div>      vtable for MPI::Win in libthorn_CarpetIOASCII.a(ioascii.cc.o)</div><div>      vtable for MPI::Win in libthorn_CarpetIOBasic.a(iobasic.cc.o)</div><div>      vtable for MPI::Win in libthorn_CarpetIOHDF5.a(Input.cc.o)</div><div>      vtable for MPI::Win in libthorn_CarpetIOHDF5.a(CarpetIOHDF5.cc.o)</div><div>      ...</div><div>  &quot;MPI::Comm::Comm()&quot;, referenced from:</div><div>      MPI::Intercomm::Merge(bool) const in libthorn_PeriodicCarpet.a(periodic.cc.o)</div><div>      MPI::Intracomm::Split(int, int) const in libthorn_PeriodicCarpet.a(periodic.cc.o)</div><div>      MPI::Intracomm::Create(MPI::Group const&amp;) const in libthorn_PeriodicCarpet.a(periodic.cc.o)</div><div>      MPI::Graphcomm::Clone() const in libthorn_PeriodicCarpet.a(periodic.cc.o)</div><div>      MPI::Cartcomm::Clone() const in libthorn_PeriodicCarpet.a(periodic.cc.o)</div><div>      MPI::Intracomm::Clone() const in libthorn_PeriodicCarpet.a(periodic.cc.o)</div><div>      MPI::Intracomm::Create_graph(int, int const*, int const*, bool) const in libthorn_PeriodicCarpet.a(periodic.cc.o)</div><div>      ...</div><div>  &quot;MPI::Datatype::Free()&quot;, referenced from:</div><div>      vtable for MPI::Datatype in libthorn_PeriodicCarpet.a(periodic.cc.o)</div><div>      vtable for MPI::Datatype in libthorn_Carpet.a(helpers.cc.o)</div><div>      vtable for MPI::Datatype in libthorn_CarpetEvolutionMask.a(evolution_mask.cc.o)</div><div>      vtable for MPI::Datatype in libthorn_CarpetIOASCII.a(ioascii.cc.o)</div><div>      vtable for MPI::Datatype in libthorn_CarpetIOBasic.a(iobasic.cc.o)</div><div>      vtable for MPI::Datatype in libthorn_CarpetIOHDF5.a(Input.cc.o)</div><div>      vtable for MPI::Datatype in libthorn_CarpetIOHDF5.a(CarpetIOHDF5.cc.o)</div><div>      ...</div><div>  &quot;_ompi_mpi_cxx_op_intercept&quot;, referenced from:</div><div>      MPI::Op::Init(void (*)(void const*, void*, int, MPI::Datatype const&amp;), bool) in libthorn_PeriodicCarpet.a(periodic.cc.o)</div><div>      MPI::Op::Init(void (*)(void const*, void*, int, MPI::Datatype const&amp;), bool) in libthorn_Carpet.a(helpers.cc.o)</div><div>      MPI::Op::Init(void (*)(void const*, void*, int, MPI::Datatype const&amp;), bool) in libthorn_CarpetEvolutionMask.a(evolution_mask.cc.o)</div><div>      MPI::Op::Init(void (*)(void const*, void*, int, MPI::Datatype const&amp;), bool) in libthorn_CarpetIOASCII.a(ioascii.cc.o)</div><div>      MPI::Op::Init(void (*)(void const*, void*, int, MPI::Datatype const&amp;), bool) in libthorn_CarpetIOBasic.a(iobasic.cc.o)</div><div>      MPI::Op::Init(void (*)(void const*, void*, int, MPI::Datatype const&amp;), bool) in libthorn_CarpetIOHDF5.a(Input.cc.o)</div><div>      MPI::Op::Init(void (*)(void const*, void*, int, MPI::Datatype const&amp;), bool) in libthorn_CarpetIOHDF5.a(CarpetIOHDF5.cc.o)</div><div>      ...</div><div>ld: symbol(s) not found for architecture x86_64</div><div>collect2: error: ld returned 1 exit status</div><div>make[1]: *** [/Users/comerduncan/Cactus/exe/cactus_sim] Error 1</div><div>make: *** [sim] Error 2</div></div><div><br></div><div>Here is the build I did:</div><div><br></div><div>simfactory/bin/sim build --optionlist=/Users/comerduncan/Cactus/simfactory/mdb/optionlists/osx-macports.cfg<br></div><div><br></div><div>Can you please help me figure out what went wrong?</div></div></blockquote><div><br></div></div></div><div>Hi Comer,</div><div><br></div><div>My guess would be that there might be more than one version of MPI installed, or something in the MPI configuration script didn&#39;t work quite right.  Did you install all the ports recommended in the comment in the os-macports.cfg optionlist?  Can you post the output from the full build?  I suggest to remove the configuration</div><div><br></div><div><span style="white-space:pre-wrap">        </span>rm -rf configs/sim</div><div><br></div><div>and then build, keeping all output:</div><div><br></div><div><span style="white-space:pre-wrap">        </span>simfactory/bin/sim build --optionlist=osx-macports.cfg &gt;build.log 2&gt;&amp;1</div><div><br></div><div>You could then copy and paste build.log into <a href="http://pastebin.com" target="_blank">http://pastebin.com</a> and include the link in your reply (to avoid having a large attachment on the mailing list).</div><span><font color="#888888"><div><br></div></font></span></div><span><font color="#888888"><div>
<div style="color:rgb(0,0,0);letter-spacing:normal;text-align:start;text-indent:0px;text-transform:none;white-space:normal;word-spacing:0px;word-wrap:break-word"><div style="color:rgb(0,0,0);letter-spacing:normal;text-align:start;text-indent:0px;text-transform:none;white-space:normal;word-spacing:0px;word-wrap:break-word"><div style="color:rgb(0,0,0);letter-spacing:normal;text-align:start;text-indent:0px;text-transform:none;white-space:normal;word-spacing:0px;word-wrap:break-word"><div style="color:rgb(0,0,0);letter-spacing:normal;text-align:start;text-indent:0px;text-transform:none;white-space:normal;word-spacing:0px;word-wrap:break-word"><div>-- </div><div>Ian Hinder</div><div><a href="http://members.aei.mpg.de/ianhin" target="_blank">http://members.aei.mpg.de/ianhin</a></div></div></div></div></div>
</div>
<br></font></span></div></blockquote></div><br></div>
</div></div><br></div></div>_______________________________________________<br>
Users mailing list<br>
<a href="mailto:Users@einsteintoolkit.org" target="_blank">Users@einsteintoolkit.org</a><br>
<a href="http://lists.einsteintoolkit.org/mailman/listinfo/users" target="_blank">http://lists.einsteintoolkit.org/mailman/listinfo/users</a><br>
<br></blockquote></div><span><font color="#888888"><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div>Erik Schnetter &lt;<a href="mailto:schnetter@cct.lsu.edu" target="_blank">schnetter@cct.lsu.edu</a>&gt;<br><a href="http://www.perimeterinstitute.ca/personal/eschnetter/" target="_blank">http://www.perimeterinstitute.ca/personal/eschnetter/</a></div>
</font></span></div>
</blockquote></div><br></div>
</div></div></blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div>Erik Schnetter &lt;<a href="mailto:schnetter@cct.lsu.edu" target="_blank">schnetter@cct.lsu.edu</a>&gt;<br><a href="http://www.perimeterinstitute.ca/personal/eschnetter/" target="_blank">http://www.perimeterinstitute.ca/personal/eschnetter/</a></div>
</div>
</div></div></blockquote></div><br></div>
</div></div></blockquote></div><br></div>