<html><head><meta http-equiv="Content-Type" content="text/html charset=utf-8"></head><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;"><br><div><div>On 20 Oct 2015, at 13:44, Geraint Pratten &lt;<a href="mailto:g.pratten@sussex.ac.uk">g.pratten@sussex.ac.uk</a>&gt; wrote:</div><br class="Apple-interchange-newline"><blockquote type="cite"><div dir="ltr"><div class="gmail_default" style="font-family: arial, helvetica, sans-serif;">Hi,</div><div class="gmail_default" style="font-family: arial, helvetica, sans-serif;"><br></div><div class="gmail_default" style="font-family: arial, helvetica, sans-serif;">So I'm getting a problem passing the correct number of MPI processes through to Carpet. I'm not sure what I've messed up in the configurations, the error I am getting is:</div><div class="gmail_default" style="font-family: arial, helvetica, sans-serif;"><br></div><div class="gmail_default" style="font-family: arial, helvetica, sans-serif;"><blockquote type="cite" style="color:rgb(80,0,80);font-family:arial,sans-serif;font-size:13px"><div dir="ltr"><div class="gmail_default" style="font-family:arial,helvetica,sans-serif"><div style="margin:0px;font-size:11px;font-family:Menlo;color:rgb(245,245,245);background-color:rgb(0,0,0)">The environment variable CACTUS_NUM_PROCS is set to 4, but there are 1 MPI processes. This may indicate a severe problem with the MPI startup mechanism.</div></div></div></blockquote></div><div class="gmail_extra"><div class="gmail_default" style="font-family: arial, helvetica, sans-serif;">​I've att​ached the .run and .sub scripts that I use. Can anyone see anything obviously wrong? The local cluster uses the UNIVA Grid Engine for submission scripts.&nbsp;</div></div></div></blockquote><div><br></div><div>Hi Geraint,</div><div><br></div><div>In your submission script, you have</div><div><br></div><div><div>#! /bin/bash</div><div>#$ -cwd</div><div>#$ -j y</div><div>#$ -o output/@SIMULATION_NAME@.out</div><div>#$ -e output/@SIMULATION_NAME@.err</div><div><br></div><div>## Error and ouput</div><div>#$ -m abe</div><div>#$ -M <a href="mailto:geraint.pratten@gmail.com">geraint.pratten@gmail.com</a></div><div><br></div><div>## Set up parallel environment</div><div>##$ -pe openmpi_mixed_32 @PROCS_REQUESTED@</div><div>#$ -pe mpich @PROC_REQUESTEDS@</div><div><br></div><div>## Request queue and job class</div><div>#$ -q mps.q</div><div>#$ -jc mps.medium</div><div><br></div><div>## Walltime, simulation name and memory</div><div>#$ -l h_rt=@WALLTIME@</div><div>#$ -N @SHORT_SIMULATION_NAME@</div><div><br></div><div><br></div><div>Specifically, you say @PROC_REQUESTED@ instead of @PROCS_REQUESTED@. &nbsp;i.e. a missing S on PROCS. &nbsp;Can you also post your output and error files? &nbsp;It would be good if simfactory could detect errors like this. &nbsp;It would also be good if the queuing system on that machine would complain if it got a number of procs that it doesn't understand. &nbsp;Maybe it does complain, but it's only a warning?</div><div><br></div><div>I'm also not sure what happens if you do a double comment ##. &nbsp;It may treat it as a single comment, and use the first pe that you specify.</div><div><br></div></div></div><div apple-content-edited="true">
<div style="color: rgb(0, 0, 0); letter-spacing: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;"><div style="color: rgb(0, 0, 0); letter-spacing: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;"><div style="color: rgb(0, 0, 0); letter-spacing: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;"><div style="color: rgb(0, 0, 0); letter-spacing: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;"><div>--&nbsp;</div><div>Ian Hinder</div><div><a href="http://members.aei.mpg.de/ianhin">http://members.aei.mpg.de/ianhin</a></div></div></div></div></div>
</div>
<br></body></html>