<html><head><meta http-equiv="Content-Type" content="text/html charset=utf-8"></head><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;"><br><div><div>On 20 Oct 2015, at 22:13, Geraint Pratten &lt;<a href="mailto:g.pratten@sussex.ac.uk">g.pratten@sussex.ac.uk</a>&gt; wrote:</div><br class="Apple-interchange-newline"><blockquote type="cite"><div dir="ltr"><div class="gmail_default" style="font-family: arial, helvetica, sans-serif;">Thanks Ian, I think that did the trick! I rebuilt Cactus with a different MPI infrastructure and made sure that the appropriate MPI environment was loaded. Seems to be working now, e.g.&nbsp;<br></div><div class="gmail_default" style="font-family: arial, helvetica, sans-serif;"><br></div><div class="gmail_default" style="font-family: arial, helvetica, sans-serif;"><div style="margin: 0px; font-size: 11px; font-family: Menlo; color: rgb(245, 245, 245); background-color: rgb(0, 0, 0);">INFO (Carpet): MPI is enabled</div><div style="margin: 0px; font-size: 11px; font-family: Menlo; color: rgb(245, 245, 245); background-color: rgb(0, 0, 0);">INFO (Carpet): Carpet is running on 12 processes</div><div style="margin: 0px; font-size: 11px; font-family: Menlo; color: rgb(245, 245, 245); background-color: rgb(0, 0, 0);">INFO (Carpet): This is process 0</div><div style="margin: 0px; font-size: 11px; font-family: Menlo; color: rgb(245, 245, 245); background-color: rgb(0, 0, 0);">INFO (Carpet): OpenMP is enabled</div><div style="margin: 0px; font-size: 11px; font-family: Menlo; color: rgb(245, 245, 245); background-color: rgb(0, 0, 0);">INFO (Carpet): This process contains 1 threads, this is thread 0</div><div style="margin: 0px; font-size: 11px; font-family: Menlo; color: rgb(245, 245, 245); background-color: rgb(0, 0, 0);">INFO (Carpet): There are 12 threads in total</div><div style="margin: 0px; font-size: 11px; font-family: Menlo; color: rgb(245, 245, 245); background-color: rgb(0, 0, 0);">INFO (Carpet): There are 1 threads per process</div><div style="margin: 0px; font-size: 11px; font-family: Menlo; color: rgb(245, 245, 245); background-color: rgb(0, 0, 0);">INFO (Carpet): This process runs on host node203, pid=28712</div><div style="margin: 0px; font-size: 11px; font-family: Menlo; color: rgb(245, 245, 245); background-color: rgb(0, 0, 0);">INFO (Carpet): This process runs on 24 cores: 0-23</div><div style="margin: 0px; font-size: 11px; font-family: Menlo; color: rgb(245, 245, 245); background-color: rgb(0, 0, 0);">INFO (Carpet): Thread 0 runs on 24 cores: 0-23</div></div><div class="gmail_extra"><br></div><div class="gmail_extra"><div class="gmail_default" style="font-family: arial, helvetica, sans-serif;">​Thanks​!</div><div class="gmail_default" style="font-family: arial, helvetica, sans-serif;">Geraint</div></div></div></blockquote><div><br></div><div>Glad to hear it's working!</div><div><br></div><div>The last line indicates that the threads are not being pinned to specific cores. &nbsp;Usually, we recommend to pin them. &nbsp;You should be able to do this by activating thorns hwloc and SystemTopology in your parameter file.</div><div><br></div><div>Note to others: with a change in the last few months, some of the functionality of hwloc was moved into SystemTopology, which is not automatically activated. &nbsp;If you want to get automatic thread pinning, you now need to edit your parameter files to explicitly activate SystemTopology in addition to hwloc.</div><div><br></div><div>Erik, could SystemTopology be automatically activated somehow?</div><div><br></div></div><div apple-content-edited="true">
<div style="color: rgb(0, 0, 0); letter-spacing: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;"><div style="color: rgb(0, 0, 0); letter-spacing: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;"><div style="color: rgb(0, 0, 0); letter-spacing: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;"><div style="color: rgb(0, 0, 0); letter-spacing: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;"><div>--&nbsp;</div><div>Ian Hinder</div><div><a href="http://members.aei.mpg.de/ianhin">http://members.aei.mpg.de/ianhin</a></div></div></div></div></div>
</div>
<br></body></html>