<html>
  <head>
    <meta content="text/html; charset=windows-1252"
      http-equiv="Content-Type">
  </head>
  <body text="#000000" bgcolor="#FFFFFF">
    Hi Roland, Ian, Everyone,<br>
    <br>
    Thanks for your input. May I add a few points though to elaborate on
    my question. Let's assume we run a simulation with 2 MPI processes
    (ranks) with each process writing to it's HDF5 own file. Further
    assume we have output from 2 restarts on top of the first output,
    i.e. we have Simfactory output directories output-0000, output-0001
    and output-0002. So, for a variable rho, for instance, we would then
    have<br>
       output-0000/&lt;parfile&gt;/rho.file_0.h5<br>
       output-0000/&lt;parfile&gt;/rho.file_1.h5<br>
    <br>
       output-0001/&lt;parfile&gt;/rho.file_0.h5<br>
       output-0001/&lt;parfile&gt;/rho.file_1.h5<br>
    <br>
       output-0002/&lt;parfile&gt;/rho.file_0.h5<br>
       output-0002/&lt;parfile&gt;/rho.file_1.h5 <br>
    <br>
    Now, for purposes of visualizing the data, for instance, one would
    be interested in collecting all these data chunks into a single
    file. The question is how to bundle these into a single file. I
    wanted to know if any of the available Carpet tools can help with
    this. <br>
    <br>
    I stand to be corrected, but I seem to recall that some of the
    non-ET tools (e.g. SimulationTools) seem to have an abstraction
    mechanism for transparently combining CarpetIOHDF5 output from
    various checkpoints. Is that the direction I may have to go?<br>
    <br>
    Thank you,<br>
    Dumsani<br>
       <br>
    <br>
    <div class="moz-cite-prefix">On 30/09/2016 17:56, Ian Hinder wrote:<br>
    </div>
    <blockquote
      cite="mid:B8A738C1-5ED6-43E7-98C0-B6BBD875E97E@aei.mpg.de"
      type="cite">
      <meta http-equiv="Content-Type" content="text/html;
        charset=windows-1252">
      <br>
      <div>
        <div>On 30 Sep 2016, at 16:29, Roland Haas &lt;<a
            moz-do-not-send="true" href="mailto:rhaas@illinois.edu"><a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:rhaas@illinois.edu">rhaas@illinois.edu</a></a>&gt;
          wrote:</div>
        <br class="Apple-interchange-newline">
        <blockquote type="cite">Hello Dumsani,<br>
          <br>
          there are two different things you may want to do. If you have
          files<br>
          rho.file_0.h5 eps.file_0.h5 rho.file_1.h5 and eps.file_1.h5
          and would<br>
          like to combine the variables you can use:<br>
          <br>
          hdf5_merge rho.file_0.h5 eps.file_0.h5 vars.file_0.h5<br>
          hdf5_merge rho.file_1.h5 eps.file_1.h5 vars.file_1.h5<br>
          <br>
          ie when you want to keep the file_X structure intact. If not
          then you<br>
          must use the hdf5 slicer:<br>
          <br>
          hdf5_slicer --out3d-cube rho.file_*.h5 eps.file_*.h5 vars.h5<br>
        </blockquote>
        <div><br>
        </div>
        <div>Also note that (as far as I know) this simply copies the
          datasets from one file to the other. It does not coalesce the
          individual rectangular components into a single one, suitable
          for viewing with a generic visualisation tool.  This would not
          in general be possible for a mesh-refined grid.</div>
      </div>
      <br>
      <div apple-content-edited="true">
        <div style="color: rgb(0, 0, 0); letter-spacing: normal;
          orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px;
          text-transform: none; white-space: normal; widows: auto;
          word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap:
          break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break:
          after-white-space;">
          <div style="color: rgb(0, 0, 0); letter-spacing: normal;
            orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px;
            text-transform: none; white-space: normal; widows: auto;
            word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px;
            word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space;
            -webkit-line-break: after-white-space;">
            <div style="color: rgb(0, 0, 0); letter-spacing: normal;
              orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px;
              text-transform: none; white-space: normal; widows: auto;
              word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px;
              word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space;
              -webkit-line-break: after-white-space;">
              <div style="color: rgb(0, 0, 0); letter-spacing: normal;
                orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px;
                text-transform: none; white-space: normal; widows: auto;
                word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px;
                word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space;
                -webkit-line-break: after-white-space;">
                <div>-- </div>
                <div>Ian Hinder</div>
                <div><a moz-do-not-send="true"
                    href="http://members.aei.mpg.de/ianhin">http://members.aei.mpg.de/ianhin</a></div>
              </div>
            </div>
          </div>
        </div>
      </div>
      <br>
      <br>
      <fieldset class="mimeAttachmentHeader"></fieldset>
      <br>
      <pre wrap="">_______________________________________________
Users mailing list
<a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:Users@einsteintoolkit.org">Users@einsteintoolkit.org</a>
<a class="moz-txt-link-freetext" href="http://lists.einsteintoolkit.org/mailman/listinfo/users">http://lists.einsteintoolkit.org/mailman/listinfo/users</a>
</pre>
    </blockquote>
    <br>
  </body>
</html>