<div dir="ltr"><div class="gmail_default" style="color:rgb(0,0,0)"><font size="4" style="" face="tahoma, sans-serif">Dear All,</font></div><div class="gmail_default" style="color:rgb(0,0,0)"><font size="4" face="tahoma, sans-serif">I had a simulation running for nearly 5 days and it stops today with no reason, no errors, and no termination.</font></div><div class="gmail_default" style="color:rgb(0,0,0)"><font size="4" face="tahoma, sans-serif">the first thing I need help with is that I can not find the cause that the simulation has been stopped. The last lines during the simulation have been attached as a text file. </font></div><div class="gmail_default" style="color:rgb(0,0,0)"><font size="4" face="tahoma, sans-serif"><br></font></div><div class="gmail_default" style="color:rgb(0,0,0)"><font size="4" face="tahoma, sans-serif"><br></font></div><div class="gmail_default" style=""><font style="color:rgb(0,0,0)" size="4" face="tahoma, sans-serif">The second problem is that I can not restart from the checkpoint. there is an error :</font></div><div class="gmail_default" style="font-family:georgia,serif"><font size="4" style="color:rgb(0,0,0)"><br></font></div><div class="gmail_default" style="font-family:georgia,serif"><font size="4" color="#ff0000"> ./simfactory/bin/sim submit the-last-one   --parfile=par/bbh-2res-1mass-10sep-final.par --procs=56<br>Error: job id is negative<br>Aborting Simfactory.<br></font></div><div class="gmail_default" style="font-family:georgia,serif"><font size="4"><br></font></div><div class="gmail_default" style="font-family:georgia,serif"><font size="4"><br></font></div><div class="gmail_default" style=""><font face="tahoma, sans-serif"><font size="4" style="color:rgb(0,0,0)"> I looked up in email archives, and I did what Roland has suggested, to add a line for jobid, (</font><font size="4" style=""><font color="#0000ff" style="">jobid = 999999</font><font color="#000000" style="">) in the properties.ini file, but I am  still getting errors </font></font></font></div><div class="gmail_default" style="font-family:georgia,serif"><span style="font-family:Arial,Helvetica,sans-serif"><font size="4"><font color="#000000"><br></font></font></span></div><div class="gmail_default" style="font-family:georgia,serif"><font size="4"><font color="#ff0000">./simfactory/bin/sim submit the-last-one   --parfile=par/bbh-2res-1mass-10sep-final.par --procs=56<br>Warning: job status is U<br>Warning: job status is U<br>Assigned restart id: 1 </font><br><font color="#ff0000">Warning: Too many used cores per node specified: specified ppn-used=56 (ppn is 28)<br>Executing submit command: exec nohup /home/cosmo/simulations/the-last-one/output-0001/SIMFACTORY/SubmitScript &lt; /dev/null &gt; /dev/null 2&gt; /dev/null &amp; echo $!<br>Submit finished, job id is 8907<br></font></font></div><div class="gmail_default" style="font-family:georgia,serif"><font size="4"><br></font></div><div class="gmail_default" style="font-family:georgia,serif"><font size="4"><br></font></div><div class="gmail_default" style="font-family:georgia,serif"><font size="4"><br></font></div><div class="gmail_default" style=""><font size="4" style="" face="tahoma, sans-serif">I changed the lines in the properties.ini file for procs, and again getting error</font></div><div class="gmail_default" style="font-family:georgia,serif"><font size="4"><br></font></div><div class="gmail_default" style="font-family:georgia,serif"><font size="4"><br></font></div><div class="gmail_default" style="font-family:georgia,serif"><font size="4"><font color="#ff0000">./simfactory/bin/sim submit the-last-one   --parfile=par/bbh-2res-1mass-10sep-final.par<br>Assigned restart id: 1 <br>Executing submit command: exec nohup /home/cosmo/simulations/the-last-one/output-0001/SIMFACTORY/SubmitScript &lt; /dev/null &gt; /dev/null 2&gt; /dev/null &amp; echo $!<br>Submit finished, job id is 10517</font><br></font></div><div class="gmail_default" style="font-family:georgia,serif"><font size="4"><br></font></div><div class="gmail_default" style=""><font size="4" style="" face="tahoma, sans-serif">And finally, I am confused about the option for the &quot;ppn, procs, and ...&quot; numbers in the Simfactory. I have attached my CPU information. It is a double 14 core </font><font size="4">Xeon(R) CPU E5-2680</font><span style="font-family:tahoma,sans-serif;font-size:large">, with 2 threads per core. my submission command was:</span></div><div class="gmail_default" style="font-family:georgia,serif"><font size="4" color="#ff0000">./simfactory/bin/sim create-run the-last-one   --parfile=par/bbh-2res-1mass-10sep-final.par --procs=56 --ppn-used=56<br></font></div><div class="gmail_default" style=""><font size="4" style="" face="tahoma, sans-serif">but in the properties.ini file, it is mentioned that:</font></div><div class="gmail_default" style=""><font size="4" face="tahoma, sans-serif">numprocs        = 4<br>nodeprocs       = 4<br>numthreads      = 14<br></font></div><div class="gmail_default" style=""><font size="4" style="" face="tahoma, sans-serif">I have also attached the properties.ini file. Is it using only 4 cores? I looked up in the Simfactory docs, and also ET&#39;s wiki. I can not get a clear picture of how the option of the number of processors works. However, with the same command line, I have mentioned above,<font color="#0000ff"> --procs=56 --ppn-used=56</font>, the simulation was performing well, I want to know if it is using total number of processors on my system or not. I would be grateful if anyone could help me with each of these issues. </font></div><div class="gmail_default" style=""><font size="4" style="" face="tahoma, sans-serif"><br></font></div><div class="gmail_default" style=""><font size="4" style="" face="tahoma, sans-serif" color="#ff00ff">Attachments are:</font></div><div class="gmail_default" style=""><font size="4" style="" face="tahoma, sans-serif" color="#ff00ff">parameter file,</font></div><div class="gmail_default" style=""><font size="4" style="" face="tahoma, sans-serif" color="#ff00ff">properties.ini,</font></div><div class="gmail_default" style=""><font size="4" style="" face="tahoma, sans-serif" color="#ff00ff">simulation-last-lines,</font></div><div class="gmail_default" style=""><font size="4" style="" face="tahoma, sans-serif" color="#ff00ff">CPU info,</font></div><div class="gmail_default" style=""><font face="tahoma, sans-serif" size="4" color="#ff00ff">and the log.txt file.</font></div><div class="gmail_default" style=""><font face="tahoma, sans-serif" size="4"><br></font></div><div class="gmail_default" style=""><font face="tahoma, sans-serif" size="4"><br></font></div><div class="gmail_default" style=""><font face="tahoma, sans-serif" size="4"><br></font></div><div class="gmail_default" style=""><font face="tahoma, sans-serif" size="4">Sincerely,</font></div><div class="gmail_default" style=""><font face="tahoma, sans-serif" size="4">Hassan</font></div><div class="gmail_default" style="font-family:georgia,serif"><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:georgia,serif"><br></div>-- <br><div dir="ltr" class="gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><blockquote style="margin:0 0 0 40px;border:none;padding:0px"><span style="text-align:right;background-color:rgb(243,243,243)"><font face="garamond, serif" size="2" color="#0000ff"><u>Hassan Khalvati<br><span class="gmail_default" style="font-family:georgia,serif;font-size:small">Sharif University of Technology, Tehran<br><a href="mailto:Hassan.Khalvati@physics.sharif.edu">Hassan.Khalvati@physics.sharif.edu</a><br><a href="mailto:Hassan.kh92@gmail.com">Hassan.kh92@gmail.com</a></span></u></font></span></blockquote></div></div></div></div></div>