<div dir="ltr"><div>Thank you very much!</div><div dir="ltr"></div><br><br><div class="gmail_quote"><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><br>Send Users mailing list submissions to<br>
        <a href="mailto:users@einsteintoolkit.org" target="_blank">users@einsteintoolkit.org</a><br>
<br>
To subscribe or unsubscribe via the World Wide Web, visit<br>
        <a href="http://lists.einsteintoolkit.org/mailman/listinfo/users" rel="noreferrer" target="_blank">http://lists.einsteintoolkit.org/mailman/listinfo/users</a><br>
or, via email, send a message with subject or body &#39;help&#39; to<br>
        <a href="mailto:users-request@einsteintoolkit.org" target="_blank">users-request@einsteintoolkit.org</a><br>
<br>
You can reach the person managing the list at<br>
        <a href="mailto:users-owner@einsteintoolkit.org" target="_blank">users-owner@einsteintoolkit.org</a><br>
<br>
When replying, please edit your Subject line so it is more specific<br>
than &quot;Re: Contents of Users digest...&quot;<br>
<br>
<br>
Today&#39;s Topics:<br>
<br>
   1. Re: (no subject) (Zach Etienne)<br>
   2. Re: (no subject) (Zach Etienne)<br>
<br>
<br>
----------------------------------------------------------------------<br>
<br>
Message: 1<br>
Date: Wed, 12 Feb 2020 23:14:50 -0500<br>
From: Zach Etienne &lt;<a href="mailto:zachetie@gmail.com" target="_blank">zachetie@gmail.com</a>&gt;<br>
Subject: Re: [Users] (no subject)<br>
To: ZhiChao Zhao &lt;<a href="mailto:yanyuechuixue@gmail.com" target="_blank">yanyuechuixue@gmail.com</a>&gt;<br>
Cc: Einstein Toolkit Users &lt;<a href="mailto:users@einsteintoolkit.org" target="_blank">users@einsteintoolkit.org</a>&gt;<br>
Message-ID:<br>
        &lt;<a href="mailto:CAP6hNvzOc_XR-M33McaNH6bMBu76uc1yrXZaX0B6E5NpzZmQJw@mail.gmail.com" target="_blank">CAP6hNvzOc_XR-M33McaNH6bMBu76uc1yrXZaX0B6E5NpzZmQJw@mail.gmail.com</a>&gt;<br>
Content-Type: text/plain; charset=&quot;utf-8&quot;<br>
<br>
One quick clarification:<br>
<br>
When I said<br>
&gt; &quot;[integrated measures of rest mass over a volume] can become completely<br>
unreliable at the time of black hole formation&quot;<br>
<br>
I meant that the conservative nature of GRMHD schemes can and do break down<br>
inside black holes, so mass might be lost after it passes inside a black<br>
hole horizon. This should have no ill effect outside the horizon, as &quot;what<br>
happens in the horizon stays in the horizon&quot;. Generally you&#39;d want to<br>
perform a surface integral to monitor the rest mass passing into the<br>
horizon and combine it with a volume integral outside the horizon to<br>
measure the total rest mass after black hole formation.<br>
<br>
-Zach<br>
<br>
*     *     *<br>
Prof. Zachariah Etienne<br>
Physics &amp; Astronomy Dept.<br>
West Virginia University<br>
<a href="http://astro.phys.wvu.edu/zetienne/" rel="noreferrer" target="_blank">http://astro.phys.wvu.edu/zetienne/</a><br>
<a href="http://blackholesathome.net" rel="noreferrer" target="_blank">http://blackholesathome.net</a><br>
&lt;<a href="https://blackholesathome.net" rel="noreferrer" target="_blank">https://blackholesathome.net</a>&gt;<br>
<br>
<br>
On Wed, Feb 12, 2020 at 11:05 PM Zach Etienne &lt;<a href="mailto:zachetie@gmail.com" target="_blank">zachetie@gmail.com</a>&gt; wrote:<br>
<br>
&gt; Hi ZhiChao,<br>
&gt;<br>
&gt; &gt; The program runs without error, however there is no eject during the<br>
&gt; merge.<br>
&gt;<br>
&gt; Typical ejecta from BNS mergers amount to a very tiny fraction of the<br>
&gt; total initial mass, with values of 1e-3 Msun from BNS merger simulations<br>
&gt; being reported in the literature (<a href="https://arxiv.org/abs/1809.11161" rel="noreferrer" target="_blank">https://arxiv.org/abs/1809.11161</a>). This<br>
&gt; value is highly dependent on the equation of state however. Further most<br>
&gt; simulations reporting ejecta are not performed at multiple numerical<br>
&gt; resolutions, meaning that the values may be adjusted downwards with<br>
&gt; subsequent simulations. Indeed in most simulations I saw for which more<br>
&gt; than one resolution was performed in that paper, the higher resolution<br>
&gt; simulation has less ejecta (see Table 2)--sometimes significantly less<br>
&gt; (e.g., LS220_M140140_LK).<br>
&gt;<br>
&gt; Bottom line, I am not surprised you didn&#39;t see any ejecta. Ejecta<br>
&gt; measurements are often dominated by numerical error, and depend sensitively<br>
&gt; on equation of state. The very simple equation of state you chose (simple<br>
&gt; Gamma=2 polytrope) might not exhibit much, if any, ejecta in the limit of<br>
&gt; very high resolution.<br>
&gt;<br>
&gt; A recent update to IllinoisGRMHD supports more sophisticated (piecewise<br>
&gt; polytrope/&quot;hybrid&quot;) equations of state. It exists within the IllinoisGRMHD<br>
&gt; subdirectory of <a href="https://github.com/zachetienne/nrpytutorial" rel="noreferrer" target="_blank">https://github.com/zachetienne/nrpytutorial</a> . You might<br>
&gt; have more luck getting ejecta from BNS initial data with<br>
&gt; piecewise-polytrope equations of state.<br>
&gt;<br>
&gt; &gt; And &quot;restmass. Init. IN sphere @<br>
&gt; (0.000000e+00,0.000000e+00,0.000000e+00), r=2.708902e+02. Moves/Tracks AMR<br>
&gt; Centre -1/-1&quot; is increasing.<br>
&gt;<br>
&gt; If I&#39;m interpreting this correctly (I might not be), you are measuring<br>
&gt; total rest mass within 270.89 in code units. You seem to observe an<br>
&gt; increase of 0.06% over the course of the simulation. That&#39;s not much, and<br>
&gt; can happen due to interpolation errors at AMR refinement boundaries (matter<br>
&gt; crosses AMR refinement boundaries and tiny errors add up to a small boost<br>
&gt; in mass), or become completely unreliable at the time of black hole<br>
&gt; formation. Performing another simulation at higher or lower resolution and<br>
&gt; additional volume integral regions may help diagnose this measurement. I<br>
&gt; think you&#39;d want to analyze the rest mass *outside* an interior volume to<br>
&gt; estimate ejecta anyway.<br>
&gt;<br>
&gt; A more sophisticated interpolation treatment at AMR refinement boundaries<br>
&gt; might help reduce this error, which amounts to a different prolongation<br>
&gt; type (e.g., ENO) being chosen for evolved GRMHD variables.<br>
&gt;<br>
&gt; Hope this helps.<br>
&gt;<br>
&gt; -Zach<br>
&gt;<br>
&gt; *     *     *<br>
&gt; Prof. Zachariah Etienne<br>
&gt; Physics &amp; Astronomy Dept.<br>
&gt; West Virginia University<br>
&gt; <a href="http://astro.phys.wvu.edu/zetienne/" rel="noreferrer" target="_blank">http://astro.phys.wvu.edu/zetienne/</a><br>
&gt; <a href="http://blackholesathome.net" rel="noreferrer" target="_blank">http://blackholesathome.net</a><br>
&gt; &lt;<a href="https://blackholesathome.net" rel="noreferrer" target="_blank">https://blackholesathome.net</a>&gt;<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt; On Wed, Feb 12, 2020 at 9:25 PM ZhiChao Zhao &lt;<a href="mailto:yanyuechuixue@gmail.com" target="_blank">yanyuechuixue@gmail.com</a>&gt;<br>
&gt; wrote:<br>
&gt;<br>
&gt;&gt; Hello everyone,<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; I am Zhi-Chao Zhao from Beijing Normal University, China.<br>
&gt;&gt; I am using EinsteinToolkit and IllinoisGRMHD to simulate BNS merge.<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; I use a par file modified from<br>
&gt;&gt; <a href="https://bitbucket.org/zach_etienne/wvuthorns_diagnostics/src/master/NSNS_parameter_files/nsns_test.par" rel="noreferrer" target="_blank">https://bitbucket.org/zach_etienne/wvuthorns_diagnostics/src/master/NSNS_parameter_files/nsns_test.par</a><br>
&gt;&gt;  .<br>
&gt;&gt; I just add one line<br>
&gt;&gt; &quot;VolumeIntegrals_GRMHD::volintegral_inside_sphere__radius[6] =<br>
&gt;&gt; 270.89015422746235&quot;.<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; The initial data is got from Zach Etienne.<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; The program runs without error, however there is no eject during the<br>
&gt;&gt; merge.<br>
&gt;&gt; Two videos:<br>
&gt;&gt; <a href="https://gogo.treenew.be/rho_b_movie.mpg" rel="noreferrer" target="_blank">https://gogo.treenew.be/rho_b_movie.mpg</a><br>
&gt;&gt; <a href="https://gogo.treenew.be/rho_b_log_movie.mpg" rel="noreferrer" target="_blank">https://gogo.treenew.be/rho_b_log_movie.mpg</a><br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; And &quot;restmass. Init. IN sphere @<br>
&gt;&gt; (0.000000e+00,0.000000e+00,0.000000e+00), r=2.708902e+02. Moves/Tracks AMR<br>
&gt;&gt; Centre -1/-1&quot; is increasing.<br>
&gt;&gt; One figure:<br>
&gt;&gt; <a href="https://gogo.treenew.be/newplot.png" rel="noreferrer" target="_blank">https://gogo.treenew.be/newplot.png</a><br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; I don&#39;t know where I went wrong. Can anyone help me?<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; _______________________________________________<br>
&gt;&gt; Users mailing list<br>
&gt;&gt; <a href="mailto:Users@einsteintoolkit.org" target="_blank">Users@einsteintoolkit.org</a><br>
&gt;&gt; <a href="http://lists.einsteintoolkit.org/mailman/listinfo/users" rel="noreferrer" target="_blank">http://lists.einsteintoolkit.org/mailman/listinfo/users</a><br>
&gt;&gt;<br>
&gt;<br>
-------------- next part --------------<br>
An HTML attachment was scrubbed...<br>
URL: <a href="http://lists.einsteintoolkit.org/pipermail/users/attachments/20200212/77182a2e/attachment-0001.html" rel="noreferrer" target="_blank">http://lists.einsteintoolkit.org/pipermail/users/attachments/20200212/77182a2e/attachment-0001.html</a> <br>
<br>
------------------------------<br>
<br>
Message: 2<br>
Date: Thu, 13 Feb 2020 00:00:17 -0500<br>
From: Zach Etienne &lt;<a href="mailto:zachetie@gmail.com" target="_blank">zachetie@gmail.com</a>&gt;<br>
Subject: Re: [Users] (no subject)<br>
To: ZhiChao Zhao &lt;<a href="mailto:yanyuechuixue@gmail.com" target="_blank">yanyuechuixue@gmail.com</a>&gt;<br>
Cc: Einstein Toolkit Users &lt;<a href="mailto:users@einsteintoolkit.org" target="_blank">users@einsteintoolkit.org</a>&gt;<br>
Message-ID:<br>
        &lt;CAP6hNvw=<a href="mailto:87t3vEDbRw0-q93zEuJsQn2_vZQXJCzYc_dv7S7TKg@mail.gmail.com" target="_blank">87t3vEDbRw0-q93zEuJsQn2_vZQXJCzYc_dv7S7TKg@mail.gmail.com</a>&gt;<br>
Content-Type: text/plain; charset=&quot;utf-8&quot;<br>
<br>
Hi ZhiChao,<br>
<br>
One more note: The BNS simulation you performed was an equal-mass case.<br>
You should find that the amount of ejecta will be much larger if you chose<br>
a significantly unequal-mass system. You will want to adjust the AMR grid<br>
structure accordingly before proceeding on this front.<br>
<br>
-Zach<br>
<br>
*     *     *<br>
Prof. Zachariah Etienne<br>
Physics &amp; Astronomy Dept.<br>
West Virginia University<br>
<a href="http://astro.phys.wvu.edu/zetienne/" rel="noreferrer" target="_blank">http://astro.phys.wvu.edu/zetienne/</a><br>
<a href="http://blackholesathome.net" rel="noreferrer" target="_blank">http://blackholesathome.net</a><br>
&lt;<a href="https://blackholesathome.net" rel="noreferrer" target="_blank">https://blackholesathome.net</a>&gt;<br>
<br>
<br>
On Wed, Feb 12, 2020 at 11:14 PM Zach Etienne &lt;<a href="mailto:zachetie@gmail.com" target="_blank">zachetie@gmail.com</a>&gt; wrote:<br>
<br>
&gt; One quick clarification:<br>
&gt;<br>
&gt; When I said<br>
&gt; &gt; &quot;[integrated measures of rest mass over a volume] can become completely<br>
&gt; unreliable at the time of black hole formation&quot;<br>
&gt;<br>
&gt; I meant that the conservative nature of GRMHD schemes can and do break<br>
&gt; down inside black holes, so mass might be lost after it passes inside a<br>
&gt; black hole horizon. This should have no ill effect outside the horizon, as<br>
&gt; &quot;what happens in the horizon stays in the horizon&quot;. Generally you&#39;d want to<br>
&gt; perform a surface integral to monitor the rest mass passing into the<br>
&gt; horizon and combine it with a volume integral outside the horizon to<br>
&gt; measure the total rest mass after black hole formation.<br>
&gt;<br>
&gt; -Zach<br>
&gt;<br>
&gt; *     *     *<br>
&gt; Prof. Zachariah Etienne<br>
&gt; Physics &amp; Astronomy Dept.<br>
&gt; West Virginia University<br>
&gt; <a href="http://astro.phys.wvu.edu/zetienne/" rel="noreferrer" target="_blank">http://astro.phys.wvu.edu/zetienne/</a><br>
&gt; <a href="http://blackholesathome.net" rel="noreferrer" target="_blank">http://blackholesathome.net</a><br>
&gt; &lt;<a href="https://blackholesathome.net" rel="noreferrer" target="_blank">https://blackholesathome.net</a>&gt;<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt; On Wed, Feb 12, 2020 at 11:05 PM Zach Etienne &lt;<a href="mailto:zachetie@gmail.com" target="_blank">zachetie@gmail.com</a>&gt; wrote:<br>
&gt;<br>
&gt;&gt; Hi ZhiChao,<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; &gt; The program runs without error, however there is no eject during the<br>
&gt;&gt; merge.<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; Typical ejecta from BNS mergers amount to a very tiny fraction of the<br>
&gt;&gt; total initial mass, with values of 1e-3 Msun from BNS merger simulations<br>
&gt;&gt; being reported in the literature (<a href="https://arxiv.org/abs/1809.11161" rel="noreferrer" target="_blank">https://arxiv.org/abs/1809.11161</a>).<br>
&gt;&gt; This value is highly dependent on the equation of state however. Further<br>
&gt;&gt; most simulations reporting ejecta are not performed at multiple numerical<br>
&gt;&gt; resolutions, meaning that the values may be adjusted downwards with<br>
&gt;&gt; subsequent simulations. Indeed in most simulations I saw for which more<br>
&gt;&gt; than one resolution was performed in that paper, the higher resolution<br>
&gt;&gt; simulation has less ejecta (see Table 2)--sometimes significantly less<br>
&gt;&gt; (e.g., LS220_M140140_LK).<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; Bottom line, I am not surprised you didn&#39;t see any ejecta. Ejecta<br>
&gt;&gt; measurements are often dominated by numerical error, and depend sensitively<br>
&gt;&gt; on equation of state. The very simple equation of state you chose (simple<br>
&gt;&gt; Gamma=2 polytrope) might not exhibit much, if any, ejecta in the limit of<br>
&gt;&gt; very high resolution.<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; A recent update to IllinoisGRMHD supports more sophisticated (piecewise<br>
&gt;&gt; polytrope/&quot;hybrid&quot;) equations of state. It exists within the IllinoisGRMHD<br>
&gt;&gt; subdirectory of <a href="https://github.com/zachetienne/nrpytutorial" rel="noreferrer" target="_blank">https://github.com/zachetienne/nrpytutorial</a> . You might<br>
&gt;&gt; have more luck getting ejecta from BNS initial data with<br>
&gt;&gt; piecewise-polytrope equations of state.<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; &gt; And &quot;restmass. Init. IN sphere @<br>
&gt;&gt; (0.000000e+00,0.000000e+00,0.000000e+00), r=2.708902e+02. Moves/Tracks AMR<br>
&gt;&gt; Centre -1/-1&quot; is increasing.<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; If I&#39;m interpreting this correctly (I might not be), you are measuring<br>
&gt;&gt; total rest mass within 270.89 in code units. You seem to observe an<br>
&gt;&gt; increase of 0.06% over the course of the simulation. That&#39;s not much, and<br>
&gt;&gt; can happen due to interpolation errors at AMR refinement boundaries (matter<br>
&gt;&gt; crosses AMR refinement boundaries and tiny errors add up to a small boost<br>
&gt;&gt; in mass), or become completely unreliable at the time of black hole<br>
&gt;&gt; formation. Performing another simulation at higher or lower resolution and<br>
&gt;&gt; additional volume integral regions may help diagnose this measurement. I<br>
&gt;&gt; think you&#39;d want to analyze the rest mass *outside* an interior volume to<br>
&gt;&gt; estimate ejecta anyway.<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; A more sophisticated interpolation treatment at AMR refinement boundaries<br>
&gt;&gt; might help reduce this error, which amounts to a different prolongation<br>
&gt;&gt; type (e.g., ENO) being chosen for evolved GRMHD variables.<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; Hope this helps.<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; -Zach<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; *     *     *<br>
&gt;&gt; Prof. Zachariah Etienne<br>
&gt;&gt; Physics &amp; Astronomy Dept.<br>
&gt;&gt; West Virginia University<br>
&gt;&gt; <a href="http://astro.phys.wvu.edu/zetienne/" rel="noreferrer" target="_blank">http://astro.phys.wvu.edu/zetienne/</a><br>
&gt;&gt; <a href="http://blackholesathome.net" rel="noreferrer" target="_blank">http://blackholesathome.net</a><br>
&gt;&gt; &lt;<a href="https://blackholesathome.net" rel="noreferrer" target="_blank">https://blackholesathome.net</a>&gt;<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; On Wed, Feb 12, 2020 at 9:25 PM ZhiChao Zhao &lt;<a href="mailto:yanyuechuixue@gmail.com" target="_blank">yanyuechuixue@gmail.com</a>&gt;<br>
&gt;&gt; wrote:<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt; Hello everyone,<br>
&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt; I am Zhi-Chao Zhao from Beijing Normal University, China.<br>
&gt;&gt;&gt; I am using EinsteinToolkit and IllinoisGRMHD to simulate BNS merge.<br>
&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt; I use a par file modified from<br>
&gt;&gt;&gt; <a href="https://bitbucket.org/zach_etienne/wvuthorns_diagnostics/src/master/NSNS_parameter_files/nsns_test.par" rel="noreferrer" target="_blank">https://bitbucket.org/zach_etienne/wvuthorns_diagnostics/src/master/NSNS_parameter_files/nsns_test.par</a><br>
&gt;&gt;&gt;  .<br>
&gt;&gt;&gt; I just add one line<br>
&gt;&gt;&gt; &quot;VolumeIntegrals_GRMHD::volintegral_inside_sphere__radius[6] =<br>
&gt;&gt;&gt; 270.89015422746235&quot;.<br>
&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt; The initial data is got from Zach Etienne.<br>
&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt; The program runs without error, however there is no eject during the<br>
&gt;&gt;&gt; merge.<br>
&gt;&gt;&gt; Two videos:<br>
&gt;&gt;&gt; <a href="https://gogo.treenew.be/rho_b_movie.mpg" rel="noreferrer" target="_blank">https://gogo.treenew.be/rho_b_movie.mpg</a><br>
&gt;&gt;&gt; <a href="https://gogo.treenew.be/rho_b_log_movie.mpg" rel="noreferrer" target="_blank">https://gogo.treenew.be/rho_b_log_movie.mpg</a><br>
&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt; And &quot;restmass. Init. IN sphere @<br>
&gt;&gt;&gt; (0.000000e+00,0.000000e+00,0.000000e+00), r=2.708902e+02. Moves/Tracks AMR<br>
&gt;&gt;&gt; Centre -1/-1&quot; is increasing.<br>
&gt;&gt;&gt; One figure:<br>
&gt;&gt;&gt; <a href="https://gogo.treenew.be/newplot.png" rel="noreferrer" target="_blank">https://gogo.treenew.be/newplot.png</a><br>
&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt; I don&#39;t know where I went wrong. Can anyone help me?<br>
&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt; _______________________________________________<br>
&gt;&gt;&gt; Users mailing list<br>
&gt;&gt;&gt; <a href="mailto:Users@einsteintoolkit.org" target="_blank">Users@einsteintoolkit.org</a><br>
&gt;&gt;&gt; <a href="http://lists.einsteintoolkit.org/mailman/listinfo/users" rel="noreferrer" target="_blank">http://lists.einsteintoolkit.org/mailman/listinfo/users</a><br>
&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;<br>
-------------- next part --------------<br>
An HTML attachment was scrubbed...<br>
URL: <a href="http://lists.einsteintoolkit.org/pipermail/users/attachments/20200213/96a0798d/attachment.html" rel="noreferrer" target="_blank">http://lists.einsteintoolkit.org/pipermail/users/attachments/20200213/96a0798d/attachment.html</a> <br>
<br>
------------------------------<br>
<br>
_______________________________________________<br>
Users mailing list<br>
<a href="mailto:Users@einsteintoolkit.org" target="_blank">Users@einsteintoolkit.org</a><br>
<a href="http://lists.einsteintoolkit.org/mailman/listinfo/users" rel="noreferrer" target="_blank">http://lists.einsteintoolkit.org/mailman/listinfo/users</a><br>
<br>
<br>
End of Users Digest, Vol 119, Issue 10<br>
**************************************<br>
</blockquote></div><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div dir="ltr" class="gmail_signature"><div dir="ltr"><div>赵志超</div><div>中国科学院高能物理研究所</div><div>中国 北京</div><div>18401696963</div><div><a href="mailto:yanyuechuixue@gmail.com" target="_blank">yanyuechuixue@gmail.com</a></div></div></div></div>