<div dir="ltr">Hi Roland,<div><br></div><div>Thanks for this excellent suggestion.</div><div>We are working on getting Visit to work along with ffmpeg on our cluster. We realized we have some ffmpeg required libraries that are missing on our cluster.</div><div><br></div><div>A good news is that I am able to load files into the Visit GUI successfully. <br></div><div><br></div><div></div><div>I will let you know when I have more definite issues.</div><div><br></div><div>best regards,</div><div>Atul</div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Wed, Feb 5, 2020 at 2:57 PM Roland Haas &lt;<a href="mailto:rhaas@illinois.edu" target="_blank">rhaas@illinois.edu</a>&gt; wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">Hello Atul,<br>
<br>
the easiest way around this is likely to disable the &quot;ADIOS2&quot; database<br>
in the &quot;Options/Plugin Manager&quot; menu.<br>
<br>
You may even have to remove all <br>
<br>
/visit/3.1.0/3.1.0/linux-x86_64/plugins/databases/lib?ADIOS2Database.so<br>
<br>
where the ? stands for &quot;M&quot; or &quot;E&quot; or &quot;I&quot;.<br>
<br>
libfabric is used for infiniband and some other network types and<br>
indeed I have seen that missing on (workstations mostly) before. It is<br>
usually used by MPI so I am not quite sure why lib?ADIOS2Database.so<br>
would use it (given that none of the Linux VisIt executables available<br>
for download seem MPI enabled).<br>
<br>
Yours,<br>
Roland<br>
<br>
<br>
&gt; Hi Roland,<br>
&gt; <br>
&gt; Hi Erik,<br>
&gt; <br>
&gt; Thanks again for your email, these are very helpful.<br>
&gt; <br>
&gt; I found my mistake: previously we(me and my colleague at Notre Dame) had<br>
&gt; installed the Debian version of visit 3.1.0(134a7fd ) on our RHEL cluster.<br>
&gt; So we reinstalled the RHEL version from (<br>
&gt; <a href="https://wci.llnl.gov/simulation/computer-codes/visit/executables" rel="noreferrer" target="_blank">https://wci.llnl.gov/simulation/computer-codes/visit/executables</a>) now.<br>
&gt; So now, when I open VisIt, I do get CarpetHDF5 as a supported extension.<br>
&gt; CarpetHDF5 is also enabled in &quot;Options/Plugin Manager&quot; menu. And my VisIt<br>
&gt; GUI looks like the screenshot from Rolandlast email.<br>
&gt; But now I get a new error, when I try to load rho.xy.h5 directly on the<br>
&gt; VisIt GUI:<br>
&gt; - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -<br>
&gt; Error opening plugin file: ...<br>
&gt; /visit/3.1.0/3.1.0/linux-x86_64/plugins/databases/libMADIOS2Database.so<br>
&gt; (libfabric.so.1: cannot open shared object file: No such file or directory)<br>
&gt; - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -<br>
&gt; Along with the RHEL version we also tried Fedora and CentOS just because<br>
&gt; they are related, but getting the same error.<br>
&gt; <br>
&gt; I think this error of &quot;libfabric.so&quot; missing is because the VisIt files<br>
&gt; from here (<a href="https://wci.llnl.gov/simulation/computer-codes/visit/executables" rel="noreferrer" target="_blank">https://wci.llnl.gov/simulation/computer-codes/visit/executables</a>)<br>
&gt; are pre-compiled on Intel machines, and our cluster is a different machine.<br>
&gt; We are still trying to see if there is a workaround for &quot;libfabric.so&quot;, or<br>
&gt; if we can compile visit directly on our machine.<br>
&gt; <br>
&gt; I currently don&#39;t have the tool &quot;h5format_convert&quot;. I will try to get it as<br>
&gt; soon as we get the libfabric.so issue fixed.<br>
&gt; <br>
&gt; Yours sincerely,<br>
&gt; Atul.<br>
&gt; <br>
&gt; On Mon, Feb 3, 2020 at 3:03 PM Roland Haas &lt;<a href="mailto:rhaas@illinois.edu" target="_blank">rhaas@illinois.edu</a>&gt; wrote:<br>
&gt; <br>
&gt; &gt; Hello Atul,<br>
&gt; &gt;<br>
&gt; &gt; as far as I can tell VisIt 3.1.0 binary available from the VisIt<br>
&gt; &gt; downloads page<br>
&gt; &gt; (<a href="https://wci.llnl.gov/simulation/computer-codes/visit/executables" rel="noreferrer" target="_blank">https://wci.llnl.gov/simulation/computer-codes/visit/executables</a>) for<br>
&gt; &gt; Linux (Debian 9.0 64bit specifically) does have the plugin included.<br>
&gt; &gt;<br>
&gt; &gt; To check you should see if there are files<br>
&gt; &gt;<br>
&gt; &gt;<br>
&gt; &gt; visit3_1_0.linux-x86_64/3.1.0/linux-x86_64/plugins/databases/libECarpetHDF5Database_ser.so<br>
&gt; &gt;<br>
&gt; &gt;<br>
&gt; &gt; visit3_1_0.linux-x86_64/3.1.0/linux-x86_64/plugins/databases/libECarpetHDF5Database_par.so<br>
&gt; &gt;<br>
&gt; &gt;<br>
&gt; &gt; visit3_1_0.linux-x86_64/3.1.0/linux-x86_64/plugins/databases/libICarpetHDF5Database.so<br>
&gt; &gt;<br>
&gt; &gt;<br>
&gt; &gt; visit3_1_0.linux-x86_64/3.1.0/linux-x86_64/plugins/databases/libMCarpetHDF5Database.so<br>
&gt; &gt;<br>
&gt; &gt; which are the compiled shared libraries (not the src files). I can<br>
&gt; &gt; confirm that that plugin can read in CarpetHDF5 files (did so today).<br>
&gt; &gt;<br>
&gt; &gt; This is for VisIt 3.1.0 git version 134a7fd (according to the about<br>
&gt; &gt; dialog).<br>
&gt; &gt;<br>
&gt; &gt; I would check that you have not disabled the CarpetHDF5 database<br>
&gt; &gt; plugin in the &quot;Options/Plugin Manager&quot; menu.<br>
&gt; &gt;<br>
&gt; &gt; Other than that I am not sure at all what could be happening. I have<br>
&gt; &gt; seem issues with HDF5 files being of too new a format (eg if ldd<br>
&gt; &gt; cactus_sim reports libhdf5.so.10 but &quot;ls<br>
&gt; &gt; visit3_1_0.linux-x86_64/3.1.0/linux-x86_64/lib/libhdf5.so.*&quot; is less than<br>
&gt; &gt; 10) but that does not (as far as I know) affect Cactus since<br>
&gt; &gt; we ask the newer libraries to write files readable by the old versions.<br>
&gt; &gt;<br>
&gt; &gt; Just for completeness&#39; sake I am attaching a screenshot showing where<br>
&gt; &gt; CarpetHDF5 shows up for me.<br>
&gt; &gt;<br>
&gt; &gt; Yours,<br>
&gt; &gt; Roland<br>
&gt; &gt;  <br>
&gt; &gt; &gt; Hi Roland,<br>
&gt; &gt; &gt;<br>
&gt; &gt; &gt; Thanks again for your email.<br>
&gt; &gt; &gt;  <br>
&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; I have VisIt 3 and ETK Mayer downloaded which I believe doesn&#39;t have<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; CarpetHDF5. How do I use the CarpetHDF5 reader? Do I need to install  <br>
&gt; &gt; it  <br>
&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; from <a href="https://bitbucket.org/rhaas80/carpethdf5/src/multifile/" rel="noreferrer" target="_blank">https://bitbucket.org/rhaas80/carpethdf5/src/multifile/</a> or is  <br>
&gt; &gt; &gt; &gt; there a  <br>
&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; newer version?  <br>
&gt; &gt; &gt; &gt; That is still the newest version. Though I do not know of that version<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; will compile with VisIt 3 (it may have changed the plugin interfaces).<br>
&gt; &gt; &gt; &gt;<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; I had a look at VisIt 3.1<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; (<br>
&gt; &gt; &gt; &gt;  <br>
&gt; &gt; <a href="https://github.com/visit-dav/visit/releases/download/v3.1.0/visit3_1_0.linux-x86_64-debian9.tar.gz" rel="noreferrer" target="_blank">https://github.com/visit-dav/visit/releases/download/v3.1.0/visit3_1_0.linux-x86_64-debian9.tar.gz</a>  <br>
&gt; &gt; &gt; &gt; since I run Debian) and as far as I can tell that one includes the<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; CarpetHDF5 reader in<br>
&gt; &gt; &gt; &gt;<br>
&gt; &gt; &gt; &gt;  <br>
&gt; &gt; visit3_1_0.linux-x86_64/3.1.0/linux-x86_64/plugins/databases/libMCarpetHDF5Database.so<br>
&gt; &gt;  <br>
&gt; &gt; &gt;<br>
&gt; &gt; &gt;<br>
&gt; &gt; &gt; I installed VisIt 3.1.0 from the link. I tried running the visualization<br>
&gt; &gt; &gt; script with it and that gives me errors. The issue still seems to be  <br>
&gt; &gt; about  <br>
&gt; &gt; &gt; reading Carpet HDF5 files.<br>
&gt; &gt; &gt;<br>
&gt; &gt; &gt;<br>
&gt; &gt; &gt; - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  <br>
&gt; &gt; - -  <br>
&gt; &gt; &gt; - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -<br>
&gt; &gt; &gt; VisIt: Error - VisIt could not read from the file &quot;/afs/<br>
&gt; &gt; &gt;  <br>
&gt; &gt; <a href="http://crc.nd.edu/user/a/akedia/simulations/nsnstohmns_in_saeng/output-0000/nsnstohmns/rho.xy.h5" rel="noreferrer" target="_blank">crc.nd.edu/user/a/akedia/simulations/nsnstohmns_in_saeng/output-0000/nsnstohmns/rho.xy.h5</a>  <br>
&gt; &gt; &gt; &quot;.<br>
&gt; &gt; &gt;<br>
&gt; &gt; &gt; The generated error message was:<br>
&gt; &gt; &gt;<br>
&gt; &gt; &gt; There was an error opening /afs/<br>
&gt; &gt; &gt;  <br>
&gt; &gt; <a href="http://crc.nd.edu/user/a/akedia/simulations/nsnstohmns_in_saeng/output-0000/nsnstohmns/rho.xy.h5" rel="noreferrer" target="_blank">crc.nd.edu/user/a/akedia/simulations/nsnstohmns_in_saeng/output-0000/nsnstohmns/rho.xy.h5</a><br>
&gt; &gt; .  <br>
&gt; &gt; &gt; It may be an invalid file.<br>
&gt; &gt; &gt; VisIt tried using the following file format readers to open the file: &lt;No<br>
&gt; &gt; &gt; suitable plugins were identified&gt;<br>
&gt; &gt; &gt; VisIt: Error - Cannot create a plot until a database has been opened.<br>
&gt; &gt; &gt; - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  <br>
&gt; &gt; - -  <br>
&gt; &gt; &gt; - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -<br>
&gt; &gt; &gt;<br>
&gt; &gt; &gt;<br>
&gt; &gt; &gt; For assurance, I checked that the installed version of VisIt 3.1.0 has a<br>
&gt; &gt; &gt; folder on CarpetHDF5 in :<br>
&gt; &gt; &gt; visit/3.1.0/visit3.1.0/src/databases/CarpetHDF5<br>
&gt; &gt; &gt; Should this be the only folder with CarpetHDF5 created?<br>
&gt; &gt; &gt;  <br>
&gt; &gt; &gt; &gt; As to s.screenCapture, it was by default set to 0 , I have attached a  <br>
&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; sample image.<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; setting s.screenCapture = 1 gives empty images, so does not fix the  <br>
&gt; &gt; &gt; &gt; problem.<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; I see. The first step will then be to try and see if you can load a<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; Carpet HDF5 file in the GUI to make sure that at least in principle you<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; should be able to load a file (as compared to there being a scripting<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; issue).<br>
&gt; &gt; &gt; &gt;<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; You should also make sure that when the script runs the file is<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; actually opened by CarpetHDF5 and not some other plugin that can read<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; HDF5 files (PIXIE is often doing this). I believe there is some output<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; to screen about which reader is used.<br>
&gt; &gt; &gt; &gt;  <br>
&gt; &gt; &gt;<br>
&gt; &gt; &gt; On trying to load a file on Visit GUI I get this error message:<br>
&gt; &gt; &gt; - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  <br>
&gt; &gt; - -  <br>
&gt; &gt; &gt; - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -<br>
&gt; &gt; &gt; VisIt could not read from the file &quot;/afs/<br>
&gt; &gt; &gt;  <br>
&gt; &gt; <a href="http://crc.nd.edu/user/a/akedia/simulations/nsnstohmns_in_saeng/output-0000/nsnstohmns/rho.xy.h5" rel="noreferrer" target="_blank">crc.nd.edu/user/a/akedia/simulations/nsnstohmns_in_saeng/output-0000/nsnstohmns/rho.xy.h5</a>  <br>
&gt; &gt; &gt; &quot;.<br>
&gt; &gt; &gt;<br>
&gt; &gt; &gt; The generated error message was:<br>
&gt; &gt; &gt;<br>
&gt; &gt; &gt; There was an error opening /afs/<br>
&gt; &gt; &gt;  <br>
&gt; &gt; <a href="http://crc.nd.edu/user/a/akedia/simulations/nsnstohmns_in_saeng/output-0000/nsnstohmns/rho.xy.h5" rel="noreferrer" target="_blank">crc.nd.edu/user/a/akedia/simulations/nsnstohmns_in_saeng/output-0000/nsnstohmns/rho.xy.h5</a><br>
&gt; &gt; .  <br>
&gt; &gt; &gt; It may be an invalid file.<br>
&gt; &gt; &gt; VisIt tried using the following file format readers to open the file: &lt;No<br>
&gt; &gt; &gt; suitable plugins were identified&gt;<br>
&gt; &gt; &gt; - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  <br>
&gt; &gt; - -  <br>
&gt; &gt; &gt; - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -<br>
&gt; &gt; &gt; And when I&#39;m selecting the file, there is no option for CarpetHDF5 in the<br>
&gt; &gt; &gt; dropdown list of supported file name/extension.<br>
&gt; &gt; &gt;<br>
&gt; &gt; &gt; Thank you for your help,<br>
&gt; &gt; &gt; Atul  <br>
&gt; &gt;<br>
&gt; &gt;<br>
&gt; &gt;<br>
&gt; &gt; --<br>
&gt; &gt; My email is as private as my paper mail. I therefore support encrypting<br>
&gt; &gt; and signing email messages. Get my PGP key from <a href="http://pgp.mit.edu" rel="noreferrer" target="_blank">http://pgp.mit.edu</a> .<br>
&gt; &gt;  <br>
<br>
<br>
<br>
-- <br>
My email is as private as my paper mail. I therefore support encrypting<br>
and signing email messages. Get my PGP key from <a href="http://pgp.mit.edu" rel="noreferrer" target="_blank">http://pgp.mit.edu</a> .<br>
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