<div dir="auto"><div>Hi Maria,<div dir="auto"><br></div><div dir="auto">You can also use kuibit, which knows how to read the various files and combine them.</div><div dir="auto"><br></div><div dir="auto">Assuming `sim` is your SimDir, `<a href="http://sim.gridfunctions.xyz">sim.gridfunctions.xyz</a>` is a dictionary-like object that contains all the grid functions in those files.</div><div dir="auto"><br></div><div dir="auto">For instance, `<a href="http://sim.gridfunctions.xyz">sim.gridfunctions.xyz</a>[&quot;rho&quot;][0]` is going to be a `HierarchicalGridData` for your 3D rest mass density at iteration 0. This data structure contains all the information for the various refinement levels in the data. You can resample it to `UniformGridData` for visualization purposes. </div><div dir="auto"><br></div><div dir="auto">Processing large 3D data with kuibit can be computationally intensive.</div><div dir="auto"><br></div><div dir="auto">Gabriele</div><br><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Wed, Jun 15, 2022, 1:30 PM Roland Haas &lt;<a href="mailto:rhaas@illinois.edu">rhaas@illinois.edu</a>&gt; wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Hello all,<br>
<br>
Chris&#39; answer is absolutely correct. <br>
<br>
The utilities are built by default by Simfactory and by doing `make<br>
sim-utils` using a non-simfactory build.<br>
<br>
hdf5_merge is the tool to use to combine multiple HDF5 files, eg<br>
different variables or multiple segments of the same simulation.<br>
<br>
It won&#39;t merge output files from multiple processes into a single file<br>
(so foo.xyz.file_0.h5 and foo.xyz.file_1.h5 cannot be merged but<br>
foo.xyz.file_0.h5 and bar.xyz.file_0.h5 can be merged).<br>
<br>
If you need merge files foo.xyz.file_0.h5 and foo.xyz.file_1.h5 into<br>
foo.xyz.h5 then you can use the hdf5_slicer utility and its<br>
--out3d-cube option (hdf5_slicer --help gives some examples).<br>
<br>
Yours,<br>
Roland<br>
<br>
&gt; KIa ora Maria,<br>
&gt; <br>
&gt; For me, there are hdf scripts located in Cactus/exe/&lt;Build name&gt;,<br>
&gt; such as hdf5_merge, which should do what you are after. These<br>
&gt; potentially may only be there for certain build options but someone<br>
&gt; more knowledgeable than me can probably expand on that.<br>
&gt; <br>
&gt; Cheers,<br>
&gt; <br>
&gt; Chris<br>
&gt; <br>
&gt; [cid:8795d7d8-3669-4adf-905d-788d81a3ba8c]<br>
&gt; <br>
&gt; <br>
&gt; [cid:3a28163e-f206-41a5-8619-e8b15edd91b0]<br>
&gt; <br>
&gt; <br>
&gt; <br>
&gt; Dr Chris Stevens<br>
&gt; <br>
&gt; Lecturer in Applied Mathematics<br>
&gt; <br>
&gt; Rm 602, Jack Erskine building<br>
&gt; <br>
&gt; School of Mathematics and Statistics<br>
&gt; <br>
&gt; T: +64 3 369 0396 (Internal 90396)<br>
&gt; <br>
&gt; University of Canterbury | Te Whare Wānanga o Waitaha<br>
&gt; <br>
&gt; Private Bag 4800, Christchurch 8140, New Zealand<br>
&gt; <br>
&gt; <a href="https://urldefense.com/v3/__http://www.chrisdoesmaths.com__;!!DZ3fjg!7WZG6jdWvLk-xY5fpz4Gs3WVdDMulNQE0FhbqLOwxf9IysF59IG7mH_Z0TF3XaW3u_RV_uOqShXgQ0PhdVxvHwVDSarFL5K9$" rel="noreferrer noreferrer" target="_blank">https://urldefense.com/v3/__http://www.chrisdoesmaths.com__;!!DZ3fjg!7WZG6jdWvLk-xY5fpz4Gs3WVdDMulNQE0FhbqLOwxf9IysF59IG7mH_Z0TF3XaW3u_RV_uOqShXgQ0PhdVxvHwVDSarFL5K9$</a><br>
&gt; &lt;<a href="https://urldefense.com/v3/__http://www.chrisdoesmaths.com/__;!!DZ3fjg!7WZG6jdWvLk-xY5fpz4Gs3WVdDMulNQE0FhbqLOwxf9IysF59IG7mH_Z0TF3XaW3u_RV_uOqShXgQ0PhdVxvHwVDSQw-a2Wd$" rel="noreferrer noreferrer" target="_blank">https://urldefense.com/v3/__http://www.chrisdoesmaths.com/__;!!DZ3fjg!7WZG6jdWvLk-xY5fpz4Gs3WVdDMulNQE0FhbqLOwxf9IysF59IG7mH_Z0TF3XaW3u_RV_uOqShXgQ0PhdVxvHwVDSQw-a2Wd$</a><br>
&gt; &gt;<br>
&gt; <br>
&gt; <br>
&gt; Director<br>
&gt; SCRI Ltd<br>
&gt; <a href="https://urldefense.com/v3/__http://www.scri.co.nz__;!!DZ3fjg!7WZG6jdWvLk-xY5fpz4Gs3WVdDMulNQE0FhbqLOwxf9IysF59IG7mH_Z0TF3XaW3u_RV_uOqShXgQ0PhdVxvHwVDSaWVNa5R$" rel="noreferrer noreferrer" target="_blank">https://urldefense.com/v3/__http://www.scri.co.nz__;!!DZ3fjg!7WZG6jdWvLk-xY5fpz4Gs3WVdDMulNQE0FhbqLOwxf9IysF59IG7mH_Z0TF3XaW3u_RV_uOqShXgQ0PhdVxvHwVDSaWVNa5R$</a><br>
&gt; &lt;<a href="https://urldefense.com/v3/__http://www.scri.co.nz/__;!!DZ3fjg!7WZG6jdWvLk-xY5fpz4Gs3WVdDMulNQE0FhbqLOwxf9IysF59IG7mH_Z0TF3XaW3u_RV_uOqShXgQ0PhdVxvHwVDSYsOUyhW$" rel="noreferrer noreferrer" target="_blank">https://urldefense.com/v3/__http://www.scri.co.nz/__;!!DZ3fjg!7WZG6jdWvLk-xY5fpz4Gs3WVdDMulNQE0FhbqLOwxf9IysF59IG7mH_Z0TF3XaW3u_RV_uOqShXgQ0PhdVxvHwVDSYsOUyhW$</a><br>
&gt; &gt;<br>
&gt; <br>
&gt; ________________________________<br>
&gt; From: <a href="mailto:users-bounces@einsteintoolkit.org" target="_blank" rel="noreferrer">users-bounces@einsteintoolkit.org</a><br>
&gt; &lt;<a href="mailto:users-bounces@einsteintoolkit.org" target="_blank" rel="noreferrer">users-bounces@einsteintoolkit.org</a>&gt; on behalf of Hamilton, Maria<br>
&gt; &lt;<a href="mailto:babiuc@marshall.edu" target="_blank" rel="noreferrer">babiuc@marshall.edu</a>&gt; Sent: 16 June 2022 08:02 To: Roland Haas<br>
&gt; &lt;<a href="mailto:rhaas@illinois.edu" target="_blank" rel="noreferrer">rhaas@illinois.edu</a>&gt; Cc: <a href="mailto:users@einsteintoolkit.org" target="_blank" rel="noreferrer">users@einsteintoolkit.org</a><br>
&gt; &lt;<a href="mailto:users@einsteintoolkit.org" target="_blank" rel="noreferrer">users@einsteintoolkit.org</a>&gt; Subject: [Users] Combine multiple h5 files<br>
&gt; <br>
&gt; You don&#39;t often get email from <a href="mailto:babiuc@marshall.edu" target="_blank" rel="noreferrer">babiuc@marshall.edu</a>. Learn why this is<br>
&gt; important&lt;<a href="https://urldefense.com/v3/__https://aka.ms/LearnAboutSenderIdentification__;!!DZ3fjg!7WZG6jdWvLk-xY5fpz4Gs3WVdDMulNQE0FhbqLOwxf9IysF59IG7mH_Z0TF3XaW3u_RV_uOqShXgQ0PhdVxvHwVDSfd6n3TN$" rel="noreferrer noreferrer" target="_blank">https://urldefense.com/v3/__https://aka.ms/LearnAboutSenderIdentification__;!!DZ3fjg!7WZG6jdWvLk-xY5fpz4Gs3WVdDMulNQE0FhbqLOwxf9IysF59IG7mH_Z0TF3XaW3u_RV_uOqShXgQ0PhdVxvHwVDSfd6n3TN$</a><br>
&gt; &gt; Hi,<br>
&gt; <br>
&gt; I have a quick question: my output has a series of ....xyz.file_...h5<br>
&gt; and I would like to look at them. Do I have to combine them? If yes,<br>
&gt; is there a way to combine them in one single file?<br>
&gt; <br>
&gt; Maria<br>
&gt; <br>
&gt; _______________________<br>
&gt; Maria C. Babiuc Hamilton, Ph.D.<br>
&gt; Professor, Department of Physics<br>
&gt; College of Science, Marshall University,<br>
&gt; 1 John Marshall Drive, Huntington, WV, 25755<br>
&gt; Room S 257, Phone: (304)696-2754<br>
&gt; <br>
<br>
<br>
<br>
-- <br>
My email is as private as my paper mail. I therefore support encrypting<br>
and signing email messages. Get my PGP key from <a href="http://keys.gnupg.net" rel="noreferrer noreferrer" target="_blank">http://keys.gnupg.net</a>.<br>
_______________________________________________<br>
Users mailing list<br>
<a href="mailto:Users@einsteintoolkit.org" target="_blank" rel="noreferrer">Users@einsteintoolkit.org</a><br>
<a href="http://lists.einsteintoolkit.org/mailman/listinfo/users" rel="noreferrer noreferrer" target="_blank">http://lists.einsteintoolkit.org/mailman/listinfo/users</a><br>
</blockquote></div></div></div>