<div dir="ltr">Hello,<div>I have a set of 3D output files from CarpetIOHDF5 (<font face="monospace">rho.xyz_file&lt;n&gt;.h5</font>), each containing many iterations, and I want to create a set of new CarpetIOHDF5 files containing the data related to the last iteration. I have tried something, but I couldn&#39;t get anything to work, so I am asking for help here.</div><div><br></div><div>For each file <span style="font-family:monospace">rho.xyz_file&lt;n&gt;.h5</span><font face="arial, sans-serif">, </font>I used the <font face="monospace">hdf5_extract</font><font face="arial, sans-serif"> utility </font>to create a new file containing the dataset related to the last iteration (<font face="monospace">&quot;HYDROBASE::rho it=1067600 tl=0 rl=0 c=&lt;n&gt;&quot;</font>) and the group <font face="monospace">&quot;Parameters and Global Attributes&quot;</font>. However, when I try to open the set of new files with VisIt I get the following error:</div><div><br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><font face="monospace">VisIt could not read from the file &quot;/home/lorenzo/CBD_prod_WZ9_400_140_280_output-0014/Output/rho.xyz_it1067600_tl0_rl0_c* database&quot;.</font></blockquote><div><font face="monospace"><br></font><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><font face="monospace">The generated error message was:</font></blockquote><font face="monospace"><br></font><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><font face="monospace">There was an error opening /home/lorenzo/CBD_prod_WZ9_400_140_280_output-0014/Output/rho.xyz_it1067600_tl0_rl0_c* database. It may be an invalid file.  VisIt tried using the following file format readers to open the file: CarpetHDF5</font></blockquote><font face="monospace"><br></font><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><font face="monospace">The following error(s) may be helpful in identifying the problem:<br></font><font face="monospace"><b>Tried to access an invalid index 1 (Maximum = 0).</b></font></blockquote></div><div><font face="monospace"><b><br></b></font></div><div><font face="arial, sans-serif">I thought that maybe some metadata in the new files are telling VisIt that there are multiple iterations available, which is not true; I&#39;m not completely sure this is really the issue, though.</font></div><div><font face="arial, sans-serif"><br></font></div><div><font face="arial, sans-serif">In the new files, the attributes </font><font face="monospace">&quot;GH$iteration&quot;</font> and <font face="monospace">&quot;carpet_global_time&quot;</font> from the group <span style="font-family:monospace">&quot;Parameters and Global Attributes&quot;</span><font face="arial, sans-serif"> are still respectively set to the first iteration </font><font face="arial, sans-serif">(</font>992800) <font face="arial, sans-serif">and the first time (</font>148920) <font face="arial, sans-serif">available in the original files, </font>while I am extracting the last iteration (1067600, time 160140). Also, in the new files, the dataset <font face="monospace">&quot;Grid Structure v5&quot;</font> (a string) still contains <font face="monospace">&quot;grid_times:[[[148920,148919.85000000001,148919.69999999998]]]&quot;</font><font face="arial, sans-serif">, which also looks wrong. </font>Therefore, I used <font face="monospace">h5py</font> to generate new files in which I fixed <font face="monospace">&quot;GH$iteration&quot;</font><font face="arial, sans-serif">,</font> <font face="monospace">&quot;carpet_global_time&quot;</font><font face="arial, sans-serif"> and </font><span style="font-family:monospace">&quot;Grid Structure v5&quot;</span><font face="arial, sans-serif">, but I still get the same error from VisIt.</font></div><div><font face="arial, sans-serif"><br></font></div><div><span style="font-family:arial,sans-serif">I have also thought about re-running the simulation that produced the original files from the last checkpoint and just dump the last iteration, but that simulation was run some time ago and the code I am using has evolved quite a bit in the meantime, to the point that some parameters are not even defined anymore.</span><font face="arial, sans-serif"><br></font></div><div><font face="arial, sans-serif"><br></font></div><div><font face="arial, sans-serif">Is there any other attribute/dataset I should edit in order to fix the new files? Are there smarter ways to extract an iteration from a set of 3D CarpetHDF5 output files? Please let me know if you need additional information from my end.</font></div><div><font face="arial, sans-serif"><br></font></div><div><font face="arial, sans-serif">Thank you very much,</font></div><div><font face="arial, sans-serif">Lorenzo Ennoggi</font></div></div>