<div dir="ltr"><div dir="ltr"><br></div><div>Hello 
Taiki,</div><div><br></div><div>You are modifying a generic machine file and using it with pbs-normal submission file. Submission and running the simulation are done by different files and currently you use generic config and runscript (generic.cfg, generic.run). I would suggest you to use consistent simfactory files, lets say modify the files for crux (crux.ini, .cfg, .sub, .run) to work with your cluster. After having consistent files add "--machine hubble" option when you submit the job (./simfactory/bin/sim submit ... --machine hubble).  Also have a look at the all supported clusters that use PBS on simfactory/mdb/submitscripts.</div><div><br></div><div>Best regards,</div><div><br></div><div>Beyhan.</div><div><br></div><div class="gmail_quote gmail_quote_container"><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">
I am trying to configure SimFactory to submit jobs using PBS on a machine named "Hubble". <br></blockquote><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">
<br>
Initially, the automatically generated hubble.ini was configured for a local login node submission. I attempted to modify the submission commands to support our PBS environment, but the jobs are not running properly.<br>
<br>
Here are the modifications I made to the .ini configuration:<br>
<br>
  *   submit: Changed from: exec nohup @SCRIPTFILE@ < /dev/null > @RUNDIR@/@SIMULATION_NAME@.out 2> @RUNDIR@/@SIMULATION_NAME@.err & echo $! To: qsub @SCRIPTFILE@<br>
<br>
  *   stop: Changed from: pkill -g $(ps -o pgid= -p @JOB_ID@) To: qdel @JOB_ID@<br>
<br>
  *   getstatus: Changed from: ps @JOB_ID@ To: qstat -f @JOB_ID@<br>
<br>
Symptoms:<br>
<br>
  1.  When running simfactory/bin/sim submit, no .out or .err files are generated at all.<br>
<br>
  2.  When running simfactory/bin/sim create-submit, the .out and .err files are generated, but the .out file only contains the PBS job ID, and the .err file is completely empty.<br>
<br>
  3.  No simulation output files or directories are created inside the designated simulation directory.<br>
<br>
As you can see from the symptoms,  create-submit successfully captures the job ID, but the simulation does not run and no output is generated.<br>
<br>
Could anyone guide me on the correct way to write the submit option or the template script for PBS in SimFactory? Any working examples of a PBS configuration (.ini and .sub files) would be greatly appreciated.<br>
<br>
For your reference, I have attached my .ini file and .sub file that I am currently using.<br>
<br>
<br>
</blockquote></div></div>